PT. Guardian Pharmatama merupakan salah satu perusahaan yang bergerak di bidang farmasi yang memiliki banyak cabang di seluruh Indonesia, salah satunya adalah cabang Malang yang terletak di Kabupaten Malang. Salah satu masalah yang dihadapi PT. Guardian Pharmatama adalah sistem absensi yang masih manual serta tidak adanya fungsi pencatatan waktu hadir pada perusahaan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui bagaimana penerapan pengendalian internal pada prosedur penggajian karyawan yang ada di PT. Guardian Pharmatama. Hasil dari penelitian ini memberikan kesimpulan bahwa penerapan pengendalian internal pada prosedur penggajian karyawan yang ada di perusahaan belum bisa dikatakan optimal meskipun secara garis besar unsur pengendalian internal yang diterapkan pada prosedur penggajian karyawan telah sesuai dengan landasan teori. Masih terdapat beberapa kelemahan pada penerapan pengendalian internal pada prosedur penggajian karyawan yang ada di perusahaan. Kelemahan tersebut karena tidak adanya fungsi pencatatan waktu hadir pada perusahaan, serta fungsi pencatatan waktu hadir yang tidak terpisah dari fungsi operasi. Adapun saran dari penulis untuk perusahaan adalah sebaiknya perusahaan mengkaji ulang dan melengkapi sarana dan prasarana presensi karyawan melalui mesin presensi sidik jari (fingerprint) atau menggunakan presensi berbasis digital lainnya secara menyeluruh kepada semua karyawan sebagai upaya untuk meminimalisir adanya risiko kecurangan dari karyawan ataupun pihak pelaksana yang berkaitan dengan penggajian, serta untuk meningkatkan efisiensi proses absensi karyawan pada perusahaan, dan sebaiknya perusahaan memisahkan fungsi pencatatan waktu hadir dengan fungsi operasi.