Pembayaran insentif memerlukan adanya sistem dan prosedur guna mencapai tujuan pengendalian internal instansi. Dengan adanya sistem informasi akuntansi pemberian insentif yang baik diharapkan dapat menghindari kesalahan dan penyimpangan yang ada dalam upaya untuk mewujudkan pengendalian internal. Penelitian ini menggunakan analisis data kualitatif yaitu dengan menganalisis struktur, prosedur, bagan alir, formulir, dan dokumen-dokumen yang digunakan dalam sistem pemberian insentif. Selain itu informasi juga diperoleh dari keterangan yang diperoleh secara langsung dari pelaku sistem. Tujuan dalam penelitian ini adalah untuk mengetahui sistem informasi akuntansi pemberian insentif serta efektifitasnya dalam upaya untuk mendukung pengendalian internal di Fakultas Teknologi Pertanian Universitas Brawijaya. Dari hasil penelitian ini dapat disimpulkan bahwa sistem informasi akuntansi pemberian insentif di Fakultas Teknologi Pertanian Universitas Brawijaya sudah cukup memadai untuk dijadikan alat dalam pengendalian internal. Hal ini terlihat dari terdapatnya dokumen-dokumen yang dijadikan sebagai dasar pembayaran insentif, dokumen yang menyebabkan terjadinya perubahan pembayaran insentif, dan dokumen pertanggung jawaban berupa tanda terima penerimaan insentif. Selain itu juga sudah adanya sistem otorisasi pada dokumen kelengkapan pengajuan pendanaan insentif. Pengawasan terhadap perhitungan pembayaran insentif bukan hanya berdasarkan data presensi yang terekam dalam mesin finger print, namun juga berdasarkan Evaluasi Kehadiran Tenaga Kependidikan Non PNS yang dinilai oleh atasan langsung.